黑暗法国线粒体基因组完整序列的确定和分析
栏目:365bet有手机app吗 发布时间:2019-09-30 08:03
河北大学
张?德西
披甲蕨属于Ac草科,Ac科和Phleaeoba。在这项研究中,通过PCR直接测序确定了黑芽线粒体基因组的全长序列,并对其他三个蚜虫线粒体基因组进行了比较分析。
同时,我们通过结合NJ,ML和贝叶斯方法,将GenBank中其他7个科的17种螨的线粒体基因结合起来,从而重建了8种蟑螂的系统发育关系。
主要结论是:
1.通过这项研究确定的黑芽的线粒体基因组长度为15648 bp。
注释结果表明,黑芽线粒体基因组包含37个基因,其中包括13个编码蛋白质的基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及trnI和rrnS之间的A + T延伸。表示它编码一个基因。
2. Dark Buddha的线粒体基因组基因在AT碱基含量上有明显的偏倚,总AT基因组含量为73。
8%;编码蛋白质的13个基因的AT含量为73。
1%;两个rRNA基因的AT含量为74。
8%; 22个tRNA基因的AT含量为72。
3%
富含A + T的区域是线粒体基因组中AT含量最高的区域,AT含量为82。
6%,该值显着高于基因组和其他遗传区域的平均水平。
3.暗佛的线粒体基因组结构非常紧凑,但存在特定的间隔和重叠区域。
在暗佛的线粒体基因之间共有20个基因间隔子,全长140 bp。一个基因的五个重叠区域,总长度为36 bp。
基因之间的间隔为1-20 bp,基因重叠5-8 bp。
Di-Di的四种昆虫的最大线粒体基因组范围在trnW-trnC和trnY-cox1之间。在nad4-nad4l和Dark Buddha之间的两个段落之间有一个部分。白色斑点的佛的最大间距在trnK-atp8之间,而霍恩·威廉剑和中国蝎子的最大间距在trnS(UCN)之间。nad1基因。
5.暗佛线粒体基因组的AT含量为73。
8%,白色条纹为74。
1%的William Sword珊瑚和中国剑角高于76%。
深色和白色法国AT蛋白的编码基因各自的AT含量为73。
1%和73。
6%,威廉剑角和中国剑角超过75%。
黑佛与白佛控制区的AT含量为82。
3%和83。
0%,威廉剑角和中国剑角均高于87%。
6.除了ACC作为中国蝎子cox1基因的起始密码子外,还有4个蚜虫的13个蛋白质编码基因均基于典型的ATN。
四种蚜虫物种atp8,atp6,cox3,nad4l和nad6使用TAA作为终止密码子,cox2基因使用单个T碱基作为终止密码子,将nad1基因用作终止密码子。TAG。
基于NJ法,ML法和贝叶斯法,基于线粒体基因组,重建了8种蚜虫中17种蚜虫的亲缘关系。
结果表明,蚜虫是一个单一的谱系群,Conosephalas属和Conidae科均形成较大的分支,构成了系统发育树的基础分支; Rama位于第二大分支的底部定位;鳞翅目,鳞翅目,甲虫科,双翅目和蚜虫位于系统发生树的顶部,并在该属内进一步进化。


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